Was soll das heißen das etwas nicht stimmt ist eine andere Sache?

Das klingt echt nach einer etwas seltsamen Reaktion deines Chefs. Ich glaube nicht, dass er direkt gemeint hat, dass du "nicht alle Tassen im Schrank" hast. Wahrscheinlich wollte er die Situation runterspielen oder hat es nicht so ernst genommen, vielleicht auch aus Unsicherheit wie er reagieren soll. Sein lächelnder Ton könnte darauf hindeuten, dass er es eher flapsig gemeint hat, ohne dich beleidigen zu wollen. Aber klar, es kommt trotzdem komisch rüber, vor allem wenn du dich ernsthaft Sorgen machst.
Vielleicht könntest du ihn bei Gelegenheit direkt darauf ansprechen um Missverständnisse zu klären? So was wie: „Hey, was hast du neulich eigentlich gemeint mit das etwas nicht stimmt ist eine andere Sache?“ – dann siehst du was er wirklich gemeint hat.

Hoffe das hilft dir weiter und gute Besserung!